O Rio Xingu nasce a 600 metros de altitude, entre a Serra do Roncador e a Serra Formosa, no Parque Indígena de Xingu (o 1º parque indígena do Brasil, criado em 1961, sendo o maior parque indígena do mundo à data da sua criação, com uma extensão de território similar à Bélgica) e deságua no Rio Amazonas, sendo responsável por 5% da água doce deste último.

 

A par com o Rio Tapajos e o Rio Tocantis, é um dos 3 principais rios de águas claras da Bacia Amazónica, caracterizado pela sua baixa condutividade e dureza (da água).

 

De acordo com as estações do ano (secas e de cheias), os parâmetros da água oscilam, podendo o pH demonstrar valores entre os 5,5 e os 8, e a temperatura registos entre os 26ºC e os 32ºC.